O Rio Claro FC foi fundado em 9 de Maio de 1909 e está entre as mais antigas agremiações do futebol paulista e brasileiro tendo sido criado por um grupo de apaixonados pelo futebol que sonhavam em transformar Rio Claro na capital do futebol.
O Galo Azul é o mascote oficial do Rio Claro que desde a sua fundação utiliza em seus uniformes a cor azul escura, vindo daí o apelido de Azulão.
Como três dos fundadores eram ferroviários, de 1909 até 1930 mandou seus jogos no campo do Grêmio Cia. Paulista de Estradas de Ferro, o mesmo campo que existe até hoje, porém sem as arquibancadas.
A partir do ano de 1931, a diretoria construiu um estádio moderno para a época na Avenida 10 e 12, ruas 6 e 7, em terreno da Prefeitura onde hoje funciona o Espaço Livre/Centro.
Em 28 de Janeiro de 1973 foi inaugurado o estádio municipal Dr. Augusto Schmidt Filho, originalmente chamado de estádio Dr. Álvaro Perin, que bem localizado e com capacidade para 10.000 pessoas sentadas é considerado um dos melhores estádios do interior paulista.
Três clubes foram convidados para inaugurar o estádio:

• O primeiro jogo no novo estádio foi entre o Rio Claro FC x SC Corinthians Paulista, sendo o resultado da partida de 2x1 a favor do Corinthians, e os gols foram anotados por: Tião Marino e Rivelino para o Corinthians e Sérgio Moraes para o Rio Claro FC.
• O segundo jogo foi entre Rio Claro FC x São Paulo FC, e o resultado final foi de 1x0 para o tricolor paulista, e o gol foi anotado por Pedro Rocha para do São Paulo FC, de pênalti, cometido por Elói sobre o ponta esquerda Paraná.
• O terceiro jogo foi entre Rio Claro FC x AE Velo Clube Rioclarense, e o resultado final foi 1x0 a favor do Rio Claro FC, e gol foi anotado por Sérgio Moraes, cuja partida alcançou o maior público dos três jogos, pela rivalidade.

O clube é privilegiado por três entidades que o apóiam:
Torcida Sangue Azul que acompanha o time em todos os jogos, inclusive fora da cidade, cujo presidente é Oswaldo Ferreira Junior.
G.R.C.B. Os Indaiás que foi fundada em 28 de Janeiro de 1973 no mesmo dia da inauguração do estádio e que atualmente desenvolve atividades recreativas, esportivas e possui uma Escola de Samba abrilhantando o carnaval de rua de Rio Claro, divulgando o nome do clube.
Sociedade Amigos do Rio Claro FC, fundada em 01 de dezembro de 2004 que dá apoio à diretoria do Rio Claro FC, e que tem como presidente Francisco Roberto Martinez.

O Rio Claro FC tem em seu departamento Amador um formador de craques e descobridor de talentos. Dos jogadores do time profissional, muitos foram formados nas equipes infanto-juvenis que tem a seus cuidados nas categorias de base mais de 80 garotos nas categorias sub-11, sub-13, sub-15, sub-17, todos sonhando em vestir a camisa do time principal.
Tendo sido dirigido desde a sua fundação por 32 presidentes e seguindo sua tradição de glória no esporte, em 2005 o Rio Claro FC conquistou o acesso a série A2 do Campeonato Paulista.